Na’vi’nin, BKA‘nın Pandora‘yı işgalini püskürtmesinden on altı yıl sonra Jake Sully, Omatikaya klanının şefi olarak yaşar ve Neytiri ile bir aile kurar. Örümcek, Pandora‘da doğan Albay Miles Quaritch‘in insan oğludur. Na’v’ın dehşetiyle, yeni liderleri Frances Ardmore liderliğindeki RDA, Dünya ölürken Pandora‘yı doldurmak için geri döner. Yeni gelenler arasında, Quaritch Recombinant liderliğindeki ölü insan askerlerin anılarıyla aşılanmış Na’vi avatarları olan Rekombinantlar var. Bir yıl sonra Jake, BKA’ya karşı bir gerilla kampanyası yürütür. Bir kontrgerilla görevi sırasında Quaritch ve astları, Jake‘in çocuklarını yakalar.